Герпесвирусы занимают более выгодное положение: ДНК разных серотипов способны в одинаковой степени трансфицировать культуры клеток, имеют значительные участки гомологии с большой частотой. Создавались как межтиповые, так и внутритиповые рекомбинанты, с помощью которых картировались генные функции, контролирующие репликацию вируса, морфологию бляшек, резистентность к антивирусным лекарствам. R. Thompson е. а. (1983) котрансфскцией ДНК одного штамма с разными рестрикционными фрагментами другого получили рекомбинант, позволивший локализовать функцию повышения нейровирулентности.
Рекомбинация сыграла важную роль в изучении функции аденовирусов. Для этого использовались гибриды между штаммами, отличающимися по онкогенному и трансформирующему потенциалу, по способности реплицироваться в определенных типах клеток, и мутантами, дефектными по многим другим функциям. При этом один из рекомбинантов экспрессировал только Е1А от Adl2, а другой — еще и Е1В Ad5. Последние клетки были высоко канцерогенны при трансплантации новорожденным крысам, а первые индуцировали опухоль очень слабо. R. Bernhards е. а. (1983) сконструировали два других недефектных рекомбинанта с заменой ранних генов.
Анализ клеток, литически инфицированных с рекомбинантными вирусами, показал, что оба вируса полностью реплицируются в клетках почек эмбриона человека и HeLa. При этом в одном из них Ad5 Е1В экспрессировался Е1В регионом Adl2, в другом, где Е1А и Е1В гены были от Ad5, функционировала гомологичная транскрипционная единица Adl2. Оба вируса не индуцируют опухоли у хомяков. Следовательно, индукция опухоли у хомяков инфекционным вирусом, по-видимому, требует функций, кодируемых, за пределами региона Е1, и более комплексного процесса, чем онкогенная трансформация in vitro изолированным фрагментом Е1 ДНК.