К числу наиболее важных механизмов, препятствующих возникновению кишечных инфекций или уменьшающих интенсивность инфекционного процесса, относится комплекс местных биологических процессов, протекающих в желудочно-кишечном тракте. Чтобы проникнуть в стенку кишечника, возбудитель должен преодолеть ряд барьеров — химических, механических и биологических. Значение каждого из них будет рассмотрено ниже па примере шигеллезной инфекции, наиболее изученной с этой точки зрения.
Одним из наиболее важных химических барьеров является соляная кислота желудочного сока и бактерицидные субстанции желчи. Роль последних при шигеллезной инфекции не исследована, что же касается соляной кислоты, то она обладает в отношении шигелл бактерицидным действием. Можно предположить, что при достаточной кислотности содержимого желудка и невысокой инфицирующей дозе, уже этот первый барьер оказывается непреодолимым для возбудителя инфекции (невозможность поступления паразита к месту специфических входных ворот инфекции).
К механическим факторам защиты можно отнести такие элементы, как перистальтика (механическое выведение возбудителя) и целостность слизистых оболочек (прежде всего эпителия). Доказательство роли перистальтики в качестве фактора защиты содержится в работе Formal и др. (1963), показавших, что подавление перистальтических движении тонкой кишки у морских свинок способствует в эксперименте проникновению шигелл в кишечную стенку.
В последние годы большое внимание уделяется защитным функциям нормальной кишечной микрофлоры, превентивная роль которой при дизентерии известна сравнительно давно. In vitro наблюдается прямой антагонизм между некоторыми представителями нормальной кишечной микрофлоры и шигеллами. Защитные свойства кишечной микрофлоры наиболее ярко подтверждаются легкостью воспроизведения и тяжестью шигеллезной инфекции у (выращенных в стерильных условиях) животных, а также у животных с редуцированной под влиянием антибактериальных средств микрофлорой кишечника.