Долгое время оставался спорным вопрос, происходит ли рекомбинация между штаммами MEL и NWS в мозге мышей или она осуществляется в субинокуляции аллантоисной полости для выделения рекомбинантов. В мозге мышей в отличие от культуры клеток, особенно куриных эмбрионов, возможно конкурирующее размножение.
Относительно нейтральной средой для изучения генетического взаимодействия ортомиксовирусов являются куриные эмбрионы. В эндодермальных клетках аллантоисной полости способны размножаться все штаммы вируса гриппа с сохранением потенциальной вирулентности для исходного хозяина. Эти клетки могут продуцировать примерно 500-1400 вирионов на клетку. Но общий урожай определяется лишь приблизительно, так как размножаемость вируса в каждом яйце и количество клеток в аллантоисной полости каждого яйца широко варьируют. Более того, в интактных эмбрионах невозможно изучение одного цикла размножения. Установление бляшкообразующей способности некоторых штаммов вирусов гриппа позволило избежать этих затруднений. Первые рекомбинанты с использованием этой системы получили Е. Kilbourne е. а. (1967). При смешанной инфекции культур клеток двумя штаммами АО/NWS и А1/САМ возникли рекомбинанты, отличающиеся по типу бляшек: прозрачные бляшки и бляшки с красным краем. Авторы осуществили двухфакторный перекрест, скрещиваемость штаммов контролировалась и по второму признаку — серотипу. Общая частота реципрокных рекомбинаций составляла 20 %.
Вскоре были сделаны первые попытки выяснить механизм рекомбинации у ортомиксовирусов. Был предпринят широкий анализ частоты рекомбинации между многочисленными их ts-мутантами.