Из вирусов с сегментированным геномом рекомбннационный процесс наиболее детально изучен у ортомиксовирусов и реовирусов. Исследования на ортомиксовирусах начаты F. Burnet (1960) еще задолго до установления сегментированное их генома. Он получил ряд основополагающих данных, вплоть до предсказания структуры генома. В этих опытах потомство смешанной инфекции двумя штаммами, один из которых (WSN) был нейротропным, оказалось способным вызывать смертельную инфекцию при заражении мышей в мозг, но имело серологическую характеристику пневмотропного MEL штамма. При прямой и обратной рекомбинации этих штаммов, различающихся по семи признакам, обмен происходит как бы по двум сцепленным признакам. Одну группу сцепления составляли признаки, определяющие серологическую специфичность, термостабильность гемагглютининов, отношение к ингибирующему действию муцина овцы и патогенность для мышей при интраназальном заражении. Другая группа включала отношение к ингибирующему действию овомуцина, патогенность для куриных эмбрионов и нейропатогенность для мышей.
Позже были получены более определенные доказательства образования своеобразных групп сцепления между отдельными генами в геноме рекомбинантов. Так, М. Lubeck е. а. (1979), изучая генные пары у 40 рекомбинантов вируса гриппа A/PR/8/34 и А/НК/8/68, нашли, что рекомбинанты, у которых PI- и Р2- или Р2-и РЗ-белки выделены от одинаковых штаммов, наблюдались с большей, чем ожидалось, частотой. Разное происхождение этих генов существенно снижало частоту рекомбинации. Менее сцепленными между собой были гены PI и NP, PI и РЗ, РЗ и NS.
Однако рекомбинанты R. Simpson, G. Hirst (1968) отличались высоким соотношением возможных комбинаций признаков (38 из 40), что, по-видимому, связано не только с различием штаммов и изучаемых признаков, но и с использованием разных систем хозяина.