На возможность интрамолекулярной рекомбинации у РНК-геномных вирусов G. Hirst и Н. Ledinko указывали еще в 60-х годах. К концу 70-х годов путем двух-трех факторного скрещивания составлена карта вирусов полиомиелита и ящура. Однако прямые биохимические доказательства обмена структурными элементами РНК генома партнеров изучены лишь в 80-х годах (Tolskaya е. а., 1983; Agol е. а., 1985; King е. а., 1985; McCahon е. а., 1985). Метод получения межтнповых рекомбинантов полиовирусов разработан V. Agol с сотрудниками на основе коинфицирования клеток gs-мутантом одного серотипа и gr-мутантом другого с последующей селекцией gr-клона из урожая двойной инфекции. Таким способом получена серия межтиповых рекомбинантов, сайты скрещивания которых были локализованы в центральной части генома между локусом антигенной специфичности (5-сторона) и чувствительностью к гуанидину (З-сторона). Определены первичные структуры скрещиваемых регионов, длина которых варьирует между 2 и 32 нуклеотидами. Сайты скрещивания оказались распределенными по геному неравномерно. Так, внутри гена полипептида 2А обнаружен только один такой участок, в то время как в других регионах выявлялись явные их скопления, что указывало на существование предпочтительных сайтов для рекомбинации (Tolskaya е. а., 1987).
У вирусов с сегментированным геномом каждый сегмент — это независимая и самостоятельная молекула. Полагают, что в зараженных клетках существует активный механизм, регулирующий, чтобы каждый вирион получил из клеточного пула по одной копии всех сегментов. Можно предполагать, что перекомбинация генов осуществляется на стадии морфогенеза вирусов и этот процесс также зависит от клеточных факторов. К тому же выявить участие в этом процессе вирионных белков или каких-либо последовательностей нуклеотидов, способствующих ему, не удалось.