Несмотря на то, что в СССР в этиологической структуре внутрибольничных инфекций до сих пор основная роль принадлежит стафилококку, нужно быть готовыми к дальнейшему изменению этиологической структуры, что по-видимому, является общебиологическим явлением (свидетельством поэтапной эволюции), причины которого до настоящего времени не вскрыты и требуют углубленного изучения.
Важно учитывать особенности этиологической структуры заболеваний в различных типах стационаров. В учреждениях хирургического профиля, в роддомах (в отделениях для родильниц) определяющую роль играет стафилококковая инфекция, но все чаще начинают встречаться заболевания, вызываемые кишечной палочкой, протеем, и другими представителями грамотрицательных бактерий. В детских соматических и инфекционных отделениях для детей раннего возраста, кроме названных инфекций, необходимо помнить о сальмонеллах, в онкологических стационарах. Заражение гепатитом возможно в различных типах стационаров.
В современных условиях во всех странах мира отмечается изменение механизма возникновения внутрибольничных инфекций. Основная масса заболеваний, присоединяющихся к болезни, по поводу которой пациент поступил в стационар, связана не с заносом их пациентами, а с заражением в больничных учреждениях.
При стафилококковой, стрептококковой, сальмопеллезной и пневмоцистозной инфекции и ряде других заболеваний наиболее важную роль как источник инфекции играют медицинские работники.