Объектами генетических исследований вирусов, этих автономных генетических структур, способных проявлять генетический паразитизм, являются не только поведение генома полноценного вируса, но и процесс взаимодействия двух геномов — вируса и клетки-хозяина. При этом роль генетического паразита выполняет не полноценный вирус как таковой, а его геном и еще чаще субгеномный фрагмент. Предполагалось, что генетический паразитизм должен быть связан с функцией так называемых неполных вирусов, т. е. вирусов, не способных к самостоятельной репродукции и требующих для этой функции генома либо вируса-помощника, либо клетки-хозяина.
Интенсивные исследования последних лет позволили расшифровать структуру генома различных типов дефектных вирусов, изучить механизмы их возникновения и накопления в популяции, изучить функциональные особенности и в этой связи выдвинуть проблему их биологической роли.
Обнаружение интегрированных вирусов связано с изучением природы лизогенного фага (Lwoff, 1953). Дальнейшие исследования показали, что интегрированный дефектный фаговый геном широко распространен среди различных типов бактерий, которые могут соразвиваться с клеткой хозяина и влиять на эволюцию хозяина, вызывая ряд изменений его генома: инактивацию или повышение экспрессии гена, возникновение новых генетических свойств в результате внедрения вирусных генов или переноса генов одной клетки в другую, индукцию удаления или перестановки различных регуляторных элементов, повышение рекомбинационных изменений в ДНК.
Ряд ДНК-вирусов человека и животных (вирусы полиомы, герпеса, аденовирусы), дефектных в системе репродукции, сохраняется в клетке в состоянии, интегрированном с ее геномом, а для РНК-ретровирусов интеграция генома является одной из стадий размножения. К полностью интегрированным вирусам относится ряд онкогенных вирусов птиц и млекопитающих, например вирусы типа С, генетическая информация которых часто находится в геноме соматических и половых клеток в репрессированной форме и может передаваться от одной генерации клеток к другой зачастую неэкспрессированными.