В случае, если на вторую инъекцию вакцины поствакцинная реакция окажется также слабой, то для третьей инъекции разрешающую дозу Г. П. Руднев предлагает увеличить до 1,5 млн. микробных клеток. Для той группы больных, у которых введение первой инъекции вакцины в дозе 500 000 > 500000 клеток вызывает сильную поствакцинную реакцию с повышением температуры выше 39°, обострением болей, продолжительностью более суток, разрешающая доза для второй, третьей и т. д. инъекции вакцины уменьшается вдвое. Иначе говоря, пользуясь двухэтапным методом вакцинотерапии после каждой инъекции лечебной вакцины в зависимости от силы поствакцинной реакции, можно регулировать в дальнейшем дозы вакцины.
Курс лечения двухэтапным методом вакцинотерапии по Г. П. Рудневу состоит из 6-8 инъекций вакцины с интервалами между инъекциями 3-4-5 дней. Длительность интервала между инъекциями лечебной вакцины определяется продолжительностью поствакцинной реакции с учетом самочувствия больного.
Поствакцинная реакция при двухэтапном методе введения клинически характеризуется появлением через 6-8-12, иногда через 24 часа озноба, повышением температуры, обострением болевых симптомов, а также профузным потоотделением. При данном методе вакцинотерапии постзакциняая реакция длится б-8-10 и реже 24-48 часов. Преимущество у двухэтапного метода вакцинотерапии перед другими методами заключается, во-первых, в том, что при данном методе почти не наблюдается сильной (шоковой) поствакцинной реакции, во-вторых, в том, что число «вакцннонегативных» больных значительно меньше. В ряде случаев у бывших до этого «вакцннонегативных» больных при переводе их на двухэтапный метод удается получить умеренную поствакцинную реакцию с хорошим клиническим эффектом.