Следовательно, у вируса Синдбис область, контролирующая пенетрацию, перекрывается областью, включающейся в патогенность, а усиление пенетрации в культуру клеток может служить положительным маркером аттенуации in vivo. В этой связи авторы утверждают, что прямая селекция по признаку усиления пенетрации в культуру клеток равноценна мишенному мутагенезу области гена, кодирующего гликопротеин, функционирующий в ранней стадии взаимодействия вируса с клеточной мембраной. Ведь и in vivo специфичность ранних взаимодействий часто определяет соответствие чувствительности клеток к инфекции и патогенез в целом. Мутации, оптимизирующие ранние взаимоотношения чувствительных клеточных культур, могут привести к аттенуации вируса in vivo, если аналогичный процесс происходит со сниженной эффективностью в клетках, лишенных органов, или повышенной эффективностью в клетках систем, способных убирать вирус из циркуляции.
Следующая большая группа нелетальных мутантов — это мутанты с измененной морфологией бляшек. Из описанных мутантов этого типа (бляшки мутные, прозрачные, с характерными краями и разными размерами) наиболее популярны мелко- и крупнобляшечные. Точная локализация таких мутаций в геноме пока не установлена, что дает повод некоторым исследователям сомневаться в их генетической природе. Однако еще R. Simpson, G. Hirst (1968) рекомбинационным анализом доказали генетическую самостоятельность каждого из 5 типов бляшек, образуемых различными нейротропными штаммами вируса гриппа, различающихся по размеру и характеру. Предположения о природе вариации размера бляшек исходят из вовлеченности в процесс проявления изменения морфологии бляшек различных поверхностных белков вирусов, ответственных за взаимодействие с клеткой.
Однако колебания размера бляшек могут зачастую носить и неспецифический характер, т. е. не иметь генетическую природу. Любые отклонения в условиях культивирования (температура, pH, состав среды), а также состояние биологической активности вирусной суспензии могут отражаться на размере образуемых ими бляшек.