Для проведения комплементационного теста клетки одновременно заражают двумя мутантами, контролем служит заражение каждым из них в отдельности. Комплементационный индекс подсчитывается как отношение урожая смешанно инфицированных клеток к сумме урожая контрольных одиночных заражений. За комплементацию принимаются повышенный урожай от смешанной инфекции с индексом больше 10.
Генетические карты вирусов с сегментированным геномом. Составление карт перекомбинации генов также начинается с комплементационного анализа, т. е. разделения коллекции мутантов на функциональные группы. Затем проводится двухфакторное скрещивание. При подсчете частоты рекомбинации у вирусов с сегментированным геномом коррекция для двойных мутантов не делается и за частоту рекомбинации принимается процент рекомбинантов дикого типа. Альтернативой частоты рекомбинации является рекомбинационный индекс, т. е. отношение повышенного урожая рекомбинанта дикого типа к урожаю контрольного одиночного заражения при непермиссивной температуре.
Данные, получаемые при двухфакторном скрещивании мутантов вирусов с сегментированным геномом, отличаются от результатов скрещивания вирусов с линейным геномом. При парном скрещивании первых мутантов частота рекомбинантного потомства либо очень высокая, либо неопределимо низкая. Из этого «все или ничего» «все» соответствует случаю, когда скрещиваемые мутанты имеют повреждения в разных сегментах, а «ничего» — в одном сегменте. Это обстоятельство делает невозможным расположение мутаций в линейном порядке. Таким образом, при двухфакторном скрещивании вирусов с сегментированным геномом могут быть сконструированы грубые карты, определяющие отношение мутации лишь к специфическим сегментам. Трехфакторное же скрещивание используется очень редко. При этом в скрещиваниях типа tsXtsY-Z4 XtsX+tsYZ_, Z маркер можно выявить, если X, Y- и Z-локусы будут в трех разных сегментах, но если Z+ находился в одном сегменте с tsY+, тогда все 15+-рекомбинанты могут содержать Z+.