Большинство представителей обеих групп стали внутриклеточными паразитами, но среди них сохранились и свободноживущие формы. Хламидии пошли дальше по линии упрощения и потеряли митохондрии, ставшие не только внутриклеточными, но и энергетическими паразитами. Можно предположить, что вирусы оспы являются дальнейшей стадией дегенеративной эволюции: они потеряли рибосомные системы синтеза белка, но полностью сохранили систему репликации и транскрипции ДНК, будучи способными размножаться в безъядерных клетках. Этим они отличаются от всех других крупных вирусов (герпесвирусы, иридовирусы, бакуловирусы и др.) и именно поэтому в отличие от всех других ДНК-содержащих вирусов они размножаются не в ядрах, а в цитоплазме.
Происхождение РНК-содержащих автономных генетических структур (вироидов и вирусоидов — сателлитных РНК) от клеточных интронов почти несомненно, так как в их составе обнаружили целые блоки (последовательности), тождественные нитронам. Столь же вероятно происхождение плазмид либо от групп клеточных генов (в частности, это относится к плазмидам множественной устойчивости к антибиотикам), либо от бактериофагов (в частности, это относится к плазмидам, носителям генов токсинов). С большой долей вероятности ретровирусы происходят от клеточных генов. Хотя ретровирусы обнаружены только у позвоночных, начиная с рыб, однако сходные генетические элементы, обладающие обратной транскриптазной активностью, выявлены у дрозофил (copia-элементы) и грибов. Все они могут быть отнесены к мобильным генетическим элементам (траиспозонам), да и сами ретровирусы, особенно эндогенные, в сущности являются своеобразными транспозонами, а некоторые из них (внутрицистерные А-частицы), будучи вирусоподобными, никогда не становятся истинными вирусами.